Como su padre y dos hermanos era instrumentista de la casa real española. Es el único de la familia, aparte de su sobrino Juan B. del Vado y Gómez, que también parece haber sido compositor. En  mayo de 1602 se unió a un grupo de intérpretes de violón al servicio de Felipe III cuando la corte se estableció en Valladolid, y el 30 de octubre de 1604 fue nombrado ministril (intérprete de viento) para tocar en la capilla real ‘y otros lugares'.

En 1616 era mencionado, junto con el maestro de los intérpretes italianos de violón Stefano Limido, como intérprete habitual de la capilla real. La función principal de los violones, sin embargo, era acompañar las danzas y las festividades seculares de la corte. Como ministril Gómez de la Cruz fue mencionado como uno de los que tocaban partes tiples, y hay evidencia de que tocaba la chirimía tiple y corneta. En 1617 se le dio licencia para buscar una cura para su corta vista; el 15 de mayo de 1618 declaraba en su testamento que era ciego. 

Tres tonos supervivientes de Gómez de la Cruz son romances para tres voces, uno de ellos ("En el valle del Egido") con texto de Luis de Góngora. Estilísticamente típicos de los volúmenes de cancioneros del primer tercio del siglo XVII, se caracterizan por notas de paso frecuentes y appoggiaturas y pasajes alternados homofónicos e imitativos. Un villancico de seis partes de Gómez del la Cruz se perdió en 1755 cuando la biblioteca de música de João IV de Portugal fue destruida por un terremoto.